โรงเรียนน่านปัญญานุกูลมีหลักสูตรสำหรับนักเรียนที่มีความบกพร่องทางสติปัญญา 6 ทักษะ ได้แก่ ทักษะวิชาการ ทักษะภาษาและการสื่อสาร ทักษะช่วยเหลือตนเอง ทักษะสังคมและการดำรงชีวิต ทักษะการเคลื่อนไหว ทักษะอาชีพ

โรงเรียนน่านปัญญานุกูลมีหลักสูตรสำหรับนักเรียนที่มีความบกพร่องทางการได้ยิน 8 กลุ่มสาระการเรียนรู้ ได้แก่ ภาษาไทย คณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์ ศิลปะ พลศึกษา สังคมศึกษาศาสนาและวัฒนธรรม การงานอาชีพและเทคโนโลยี ภาษาต่างประเทศ